明朝中葉。大明使節云靖奉命出使瓦剌，遭到瓦剌的漢人丞相張宗周陷害而被扣留并放逐到漠北苦地牧羊。二十年后，瓦剌與大明修好，云靖得以回歸大明故土。因為云靖知道張宗周"復國"的大秘密，而被他的手下瓦剌第一勇士澹臺滅明殺死在雁門關下，云靖的孫女云蕾和張宗周的兒子張丹楓初次相遇并親眼目睹了這一慘劇。 十年后。大明與瓦剌聯姻。云蕾偷梁換柱冒充大明靜公主意欲刺殺張宗周替爺爺報仇。迎親途中，張丹楓與云蕾重逢進而產生感情。云蕾刺殺失敗，張丹楓為救云蕾被迫與父親達成協議，以少主身份前往中原神兵山莊去取回一張至關重要的圖。 張丹楓和云蕾一起前往中原，中途遭遇神奇人物黑白摩坷兄弟。張丹楓幫助黑摩訶化解重重危機，與之結為密友。 云蕾因故與張丹楓失散，后與古靈精怪的靜公主會合，二人女扮男裝趕往神兵山莊尋找張丹楓。來到神兵山莊不久，云蕾便意外發現這里隱藏的重大秘密。原來，張宗周竟是當年張世誠的后代，張宗周一心想要復國，重振祖先的大周王朝。張丹楓要來取的那張圖其實是一張藏寶圖。這筆位于九龍山的寶藏正是張世誠兵敗后留給后人東山再起的資本。云蕾決意毀掉張宗周的"復國夢"，因此與后來趕到的張丹楓產生難以調和的沖突，再加上云、張兩家舊有的血海深仇，他們的情感面臨巨大考驗。 靜公主被大內高手張風府的義子云重等十三太保救走，靜公主漸漸對云重產生好感。而云重正是云蕾失散多年的親生哥哥，云重的出現也成為云蕾與張丹楓情感發展的障礙。張風府帶兵攻破神兵山莊，對愛情徹底絕望的云蕾一劍重傷張丹楓，然后雙雙落入張風府手中被押往京城。 石英和聞訊趕到的澹臺滅明竭盡全力營救張丹楓，幾場惡戰下來，雙方損失慘重。多虧靜公主暗中相助，張丹楓和云蕾才得以脫險。 靜公主與云重的不倫之戀遭到皇上和張風府的堅決制止，靜公主最終在雁門關上以死殉情，傷心欲絕的云重與張風府徹底決裂。 張丹楓和云蕾跟隨黑摩訶來到飛駝國，同行的還有張丹楓青梅竹馬的好友澹臺鏡明。機緣巧合，精誠所至，愛情的力量使張丹楓和云蕾終于練成了舉世無雙的飛天劍法，幫助黑摩訶除掉搶走他王位的叔叔赤角，救活他的哥哥白摩訶。繼而，張丹楓發現飛駝國與九龍山寶藏存在極深的淵源。一直暗戀張丹楓的澹臺鏡明對云蕾的仇恨也漸漸達到極致，終于在云蕾身上下了慢性毒藥。 張丹楓和父親張宗周相聚九龍山，張丹楓已經決意毀掉父親的"復國夢"。幾股勢力圍繞著寶藏展開激烈爭奪，經過幾番殊死較量，張宗周贏得上風，終于打開了塵封多年的寶藏大門。然而，寶藏已經空空如也，只留下一本帳薄。原來，看守寶藏的老家人在這幾十年間已經將寶藏分批賑濟了各地的災民。并且作了詳細記錄。這恰恰符合了張丹楓與云蕾的心愿，而張宗周則瞬間白頭，萬念俱焚。這樣的結局也讓他終于明白了"復國夢"的荒唐，夢醒的張宗周一頭撞死在云靖鐫刻的正氣歌巖壁下。臨死前，他終于承認并祝福張丹楓和云蕾的結合，而他以死謝罪的方式也化解了云張兩家的血海深仇…… 因愛走入歧途的澹臺鏡明最終落得香消玉勛的可悲結局，同時，她下在云蕾身上的慢性毒藥也終于發作。冥冥之中，澹臺鏡明遺落的一顆解藥救活了瀕死的云蕾，使得一段刻骨銘心的愛情終成正果，造就了一代萍蹤俠侶。